Kroz projekt „LIKE – Living on the Karst Edge“ radilo se na zaštiti i obnovi biološke raznolikosti te promociji usluga ekosustava, uspostavljanjem zajedničkog programa upravljanja i praćenja stanja Natura 2000 područja krškog ruba. U sklopu Projekta nabavljena je potrebna oprema za dodatna terenska i laboratorijska istraživanja, uređen je i otvoren poseban dio Botaničkog vrta Muzeja namijenjen zaštiti biljnih vrsta u posebnom režimu zaštite. Obavljena su istraživanja biologije, ekologije i genetske strukturiranosti populacije endemske biljne vrste Tommasinijeva merinka te je izrađen program njezine ex situ zaštite. Također su obavljena istraživanja vrste razgranjeni srpac, modeliranje rasprostranjenosti vrste na osnovi prikupljenih podataka i određivanje ekološkog optimuma staništa. Djelatnici Muzeja surađivali su u istraživanju i praćenju stanja ostalih vrsta i staništa obuhvaćenih projektom te su sudjelovali u pisanju smjernica za njihovu zaštitu. Osmišljen je i realiziran edukativni program Natura 2000 u sklopu kojeg su producirani on-line materijali i provedeno više od 40 radionica u Muzeju i izvan njega te je izrađena multimedijalna aplikacija koja je prevedena na slovenski jezik.
Muzej je također bio parter i na projektu CLAUSTRA + u sklopu kojeg je organizirano preko 50 edukativnih sadržaja koja uključuju predavanja, radionice i vodstva u muzeju i na terenu. Dva puta organizirana je i održana manifestacija Rimska noć u prirodi, obavljena su terenska istraživanja te je izrađena studija modela vegetacije u antičko doba. U Botaničkom vrtu Muzeja postavljena je i otvorena didaktička info-točka Rimski vrt s biljkama koje su Rimljani koristili i koje su nekada rasle na području zida Claustra. Također, osmišljena je te u Rijeci i Ljubljani predstavljena putujuća izložba „S obje strane zida“.
U sklopu projekta „KRASn’KRŠ – Zaštita i valorizacija baštine te razvoj održivog turizma u prekograničnom krškom krajoliku“ radilo se na prilagodbi turističke ponude potrebama modernih posjetitelja vezano na četiri postojeća objekta krške baštine u Sežani, Škocjanskim jamama, Brodu na Kupi i Puntu, koji su se nadogradili u interpretacijske centre, odnosno poligone baštine. Muzej je izradio krovnu interpretacijsku strategiju temeljenu na održivim polazištima i poznavanju obilježja prirodne i kulturne baštine. Osmišljen je multimedijalni interdisciplinarni prikaz krša te putujuća izložba KRASn’KRŠ koja je ostvarila gostovanja na 5 lokacija programskog područja. Održan je prvi Festival krša, edukativna radionica za najmlađe kao i prigodno stručno predavanje. Muzej je sudjelovao u osmišljavanju četiri prekogranična turistička proizvoda: KRASn’KRŠ Akademija, KRASn’KRŠ FESTIVAL, KRASn’KRŠ suhi zid, FEEL KRAS, te su održana 2 dva edukativna programa unutar manifestacije Noć leptira u Delnicama i Brodu na Kupi. Uspostavljena je poučna staza na širem području Malog Platka i Interpretacijski centar Visoki krš u sklopu uređenja novog Stalnog postava u Kaštelu Zrinskih u Brodu na Kupi.
Muzej je projektni partner i na projektu „Kulturno-turistička ruta Putovima Frankopana“ u sklopu kojeg će realizirati novi stalni postav u Kaštelu Zrinskih u Brodu na Kupi. Novi će postav na atraktivan način i uz korištenje najsuvremenijih muzeografskih pristupa i tehnologija prikazati prirodnu baštinu Kupske doline i Gorskog kotara, od Kupe i života u njoj, goranskih šuma i njihovih stanovnika do najviših vrhova naših planina. Posjetitelji će biti upoznati s uvjetima života na različitim staništima, s rijetkim i ugroženim vrstama, ali i tradicijskom suživotu čovjeka i prirode na ovom području. Realizacija stalnog postava očekuje se krajem 2020. godine.
